Versa in una ciotola la zucca pulita e tagliata a pezzetti, l'acqua, la scorza e il succo dei limoni e lo zucchero. Copri con pellicola e lascia marinare per circa un'ora.
Trascorso il tempo necessario, elimina la scorza dei limoni e trasferisci il composto in una pentola. Aggiungi la cannella e la noce moscata e cuoci, per i primi 15 minuti, a fiamma media con un coperchio. Mescola spesso.
Quando l'acqua comincerà ad asciugarsi, togli il coperchio e mescola continuamente la marmellata. Saranno necessari altri 30 minuti circa.
Quando la zucca sarà morbida e quasi sciolta, utilizza un frullatore ad immersione per ottenere una marmellata priva di grumi e dalla consistenza cremosa e vellutata.
Versa la marmellata (bollente) nei vasetti sterilizzati, chiudi il tappo e capovolgi a testa in giù per il sottovuoto, fino al raffreddamento.
Conserva i barattoli in un posto fresco e buio per circa 2 mesi. Dopo l'apertura conserva la marmellata in frigo per 5 giorni.